Od października 2024 r. KAS intensywnie kontroluje firmy, które wybrały opodatkowanie w formie estońskiego CIT. Już 276 z 927 sprawdzonych przypadków wykazało uchybienia. Zaś łączne zaległości podatkowe przekraczają 17 mln zł. Jednocześnie narasta niepewność prawna wokół warunków przejścia na estoński CIT w trakcie roku – szczególnie w zakresie podpisywania sprawozdań finansowych. Mimo wątpliwości zgłaszanych przez przedsiębiorców i posłów, Ministerstwo Finansów nie przewiduje na razie zmian w przepisach.

Odpowiedź Ministerstwa Finansów z 18.08.2025 r. na interpelację poselską nr 10460 w sprawie ryczałtu od dochodów spółek (tzw. estońskiego CIT), znak sprawy: DD8.054.3.2025.