KSeF umożliwi przedsiębiorcom dodawanie załączników do faktur. Niestety, aby załącznik został dodany do systemu będzie musiał spełnić określone warunki. Zgodnie z prezentowanym przez Ministerstwo finansów objaśnieniem załączniki, które będą mogły trafić do KSeF mają służyć wyłącznie do prezentowania danych podatkowych. W systemie nie należy umieszczać załączników dotyczących danych biznesowych, handlowych czy marketingowych np. protokoły odbioru, listy przewozowe czy dokumenty magazynowe, które w praktyce często są dostarczane klientom przez sprzedawców jako załącznik do faktury.

Powyżej wymieniony dokumenty będzie można dalej przesyłać drogą tradycyjną, jednakże sprawi to nowe problemy dla odbiorców faktur, ponieważ sama faktura zostanie dostarczona za pośrednictwem KSeF, natomiast załączniki sprzedawcy będą zmuszeni wysyłać drogą tradycyjną.

Należy mieć na względzie fakt, że do załączników bieżący wgląd będą miały organy skarbowe, które na bieżąco mogą zostać ,,sprowokowane” do przeprowadzenia kontroli podatkowej.