Od 4 listopada 2025 r. ordynacja podatkowa wprowadza wyraźną zasadę, zgodnie z którą niedające się usunąć wątpliwości co do stanu faktycznego muszą być rozstrzygane na korzyść podatnika (in dubio pro tributario – art. 122 § 2 O.p.). Zasada ta ma zastosowanie również do postępowań wszczętych przed tą datą, o ile nadal się toczą.

Regulacja ta znajdzie zastosowanie w sytuacjach, gdy na podstawie zgromadzonego materiału dowodowego nie da się jednoznacznie ustalić określonych faktów. W praktyce może być szczególnie istotna w sprawach wymagających wykazania rzeczywistego przebiegu zdarzeń, takich jak spory dotyczące istnienia dostaw lub wykonania usług, tzw. karuzele VAT, „puste faktury”, koszty usług niematerialnych czy dochowanie należytej staranności przez podatnika.

Zasada może być również pomocna, gdy organy opierają się na niejednoznacznych materiałach z innych postępowań albo próbują przypisać podatnikowi określone zachowania bez jednoznacznych dowodów. Jednocześnie przepisy przewidują wyjątki od jej stosowania, m.in. gdy sprzeciwia się temu ważny interes publiczny, gdy w sprawie występują strony o sprzecznych interesach lub gdy prawo wymaga od strony wykazania określonych faktów.

Eksperci zwracają uwagę, że kluczowe znaczenie będzie miała praktyka organów podatkowych, w szczególności to, jak często będą one powoływać się na „istotny interes państwa”, co może ograniczyć realne znaczenie nowej regulacji. Zasada ta ma zastosowanie nie tylko w postępowaniach podatkowych, ale – odpowiednio – także w czynnościach sprawdzających oraz kontrolach podatkowych i celno-skarbowych.

Choć nowa regulacja formalnie wzmacnia pozycję podatnika, jej skuteczność zależeć będzie od rzeczywistej woli organów do jej stosowania. Doświadczenia z wcześniejszymi przepisami pokazują bowiem, że fiskus często unika przyznania, iż w sprawie istnieją nierozstrzygalne wątpliwości.