Od 1 października 2025 r. obowiązują nowe przepisy w ustawie o Krajowej Administracji Skarbowej i o VAT (Dz.U. 2025, poz. 894), które rozszerzają możliwości podatników w trakcie kontroli celno-skarbowych. Zmiany pozwalają na złożenie deklaracji podatkowej – a nie tylko korekty – w ciągu 14 dni od wszczęcia kontroli lub po jej zakończeniu.

Nowelizacja wprowadza też możliwość złożenia częściowej korekty deklaracji po zakończeniu kontroli, gdy podatnik zgadza się tylko z częścią ustaleń organu. Organ może taką korektę uwzględnić w ramach dalszego postępowania. W efekcie podatnik może ograniczyć naliczanie odsetek, a w niektórych przypadkach – szybciej zakończyć spór.

Złożenie deklaracji w ciągu 14 dni od wszczęcia kontroli uprawnia również do skorzystania z obniżonej stawki sankcji VAT – maksymalnie 15%, zgodnie ze znowelizowanym art. 112b ust. 2a ustawy o VAT. Dotąd preferencyjna stawka dotyczyła wyłącznie korekt składanych po rozpoczęciu kontroli.

Nowe regulacje obejmują również kontrole rozpoczęte przed 1 października 2025 r., ale tylko wtedy, gdy nie rozpoczął się jeszcze termin na złożenie korekty. W przeciwnym razie stosuje się przepisy dotychczasowe.

Choć zmiany dają podatnikom więcej elastyczności, nie obejmują przepisów kodeksu karnego skarbowego – w szczególności art. 16a, który chroni przed odpowiedzialnością karną przy złożeniu korekty. Deklaracja złożona po rozpoczęciu lub zakończeniu kontroli nadal nie daje takiej ochrony, choć przedstawiciele Ministerstwa Finansów twierdzą, że w praktyce nie powinno to prowadzić do odpowiedzialności karnej, o ile nie ma umyślności.