Naczelny Sąd Administracyjny uznał, że jeśli gmina nie przedstawi wyraźnych i przekonujących powodów, dla których jej autorska metoda obliczania prewspółczynnika VAT lepiej odzwierciedla rzeczywisty sposób wykorzystania wydatków do działalności gospodarczej, ma obowiązek stosować sposób wynikający z rozporządzenia Ministra Finansów z 17 grudnia 2015 r. (t.j. Dz.U. z 2021 r. poz. 999).

Sprawa dotyczyła gminy, która realizowała inwestycję polegającą na budowie budynku o charakterze wielofunkcyjnym – częściowo przeznaczonego na wynajem (m.in. pod przychodnię, aptekę, centrum fizjoterapii), a częściowo na potrzeby własnych jednostek organizacyjnych.

Gmina argumentowała, że bardziej adekwatne będzie zastosowanie metody powierzchniowej, pozwalającej na obliczenie prewspółczynnika w oparciu o proporcję powierzchni wynajmowanej do całkowitej powierzchni obiektu. Fiskus i sądy obu instancji (WSA w Krakowie i NSA) nie zgodziły się z tym stanowiskiem.

Sądy wskazały, że zasadą jest stosowanie metody określonej w rozporządzeniu, zastosowanie innej metody jest możliwe jedynie wtedy, gdy podatnik wykaże, że w jego przypadku będzie ona bardziej reprezentatywna i obiektywna, gmina nie przedstawiła wystarczających argumentów potwierdzających, że metoda powierzchniowa lepiej odzwierciedla charakter jej działalności.

NSA podkreślił, że odstępstwo od metody z rozporządzenia nie może wynikać z subiektywnego przekonania jednostki, lecz musi być merytorycznie uzasadnione i poparte konkretnymi danymi.

Wyrok NSA z 3 października 2025 r., sygn. akt I FSK 1324/22