Zgodnie z interpretacją Ministerstwa Finansów (MF), podatnicy mogą skorzystać z 5-proc. stawki podatku, jeżeli odprowadzają składki na ubezpieczenia społeczne. Koszty te pozwalają bowiem obliczyć prawidło wskaźnik nexus, który jest niezbędny do określania kwoty dochodu objętej preferencyjną stawką. Obniżoną stawkę podatku dochodowego tzw. IP BOX, stosuje się do dochodu z kwalifikowanych praw własności intelektualnej (czyli IP), takich jak autorskie prawo do programu komputerowego.

W celu uzyskania właściwej kwoty dochodu do opodatkowania, należy pomnożyć dochód z kwalifikowanego IP (np. programu lub patentu) osiągniętego w roku podatkowym przez wskaźnik nexus obliczony według wzoru podanego w art. 30ca ust. 4 ustawy o PIT.

Przywołany wzór opiera się na czterech rodzajach kosztów poniesionych przez podatnika na:
■ prowadzoną bezpośrednio przez niego działalność badawczo-rozwojową związaną z kwalifikowanym IP (a),
■ nabycie wyników prac badawczo-rozwojowych związanych z kwalifikowanym IP, niestanowiących kwalifikowanego IP od podmiotu niepowiązanego (b),
■ nabycie wyników prac badawczo-rozwojowych związanych z kwalifikowanym IP, niestanowiących kwalifikowanego prawa IP od podmiotu powiązanego,
■ nabycie przez podatnika kwalifikowanego IP.

Zgodnie z ust. 5 art. 30ca ustawy o PIT nie zalicza się do nich kosztów, które nie są bezpośrednio związane z wytworzeniem IP (np. wydatków związanych z pojazdami).

Możliwość obliczenia przez podatnika wskaźnika nexus i ewentualnego skorzystania z IP Box, wynika z interpretacji art. 30ca ust. 5. Jest to związane z tym, że w liczniku wzoru na ten wskaźnik dodaje się koszty a i b oraz mnoży przez 1,3, a w mianowniku sumuje się wszystkie koszty (a+b+c+d). Oznacza to, że jeżeli podatnik nie ponosi żadnych kosztów bezpośrednio związanych z IP, wskaźnika w ogóle nie będzie można obliczyć. Taka sytuacja może mieć właśnie miejsce w przypadku indywidualnych przedsiębiorców, którzy nie mogą ująć w kosztach swojej pracy. Zgodnie z wyjaśnieniami MF, nawet jeśli podatnik prowadzący jednoosobową działalność nie ponosi innych kosztów działalności badawczo-rozwojowej niż tylko koszty pracy własnej (wyłączone z kosztów uzyskania przychodów), to i tak musi regulować zobowiązania z tytułu ubezpieczeń społecznych. One natomiast mogą być wykazywane w literze a wzoru nexus. Zgodnie ze stanowiskiem MF,  kosztów we wskaźniku nexus bezpośrednio związanych z wytworzeniem IP nie można utożsamiać z kosztami bezpośrednimi i pośrednimi w rozumieniu ogólnych zasad określonych w art. 22 ust. 5–5c ustawy o PIT.